Debaty na temat Dharmy, jako część kształcenia klasztornego, przedostały się do szkoły kagju za sprawą wielkiego uczonego kadampy, Ciapa Ciekji Senge, który był nauczycielem Pierwszego Karmapy Dusum Khjenpy. Marpa Lotsała również wprowadził tradycję debat do Tybetu, jednak tylko szkoła geluk przekształciła ją w ważny element praktyki i stworzyła zwyczaj corocznych zimowych debat mnichów – których nie organizowano w szkołach sakja, njingma i kagju.

To się jednak miało zmienić w Indiach po tym jak w 1996 roku grupa mnichów kagju odbyła pielgrzymkę do ruin pradawnego uniwersytetu Nalanda, który był największą buddyjską uczelnią świata i przyciągał uczniów z tak odległych krajów jak Persja czy Japonia. Z niej wywodzą się wielcy buddyjscy mistrzowie Indii: Nagardżuna, Asanga czy Wasubandhu. W tak inspirującym otoczeniu mnisi z klasztorów Thrangu i Leksze Ling odbyli spontaniczną debatę i tym samym zasiali ziarno tradycji międzyszkolnych debat kagju.

Następnego roku opat klasztoru Leksze Ling w Nepalu, Ciedzie Lama Puntsok, poprosił mistrzów kagju o przewodniczenie pierwszemu seminarium Dharmy, w którym uczestniczyło 150 studentów uniwersytetów klasztornych (sziedra): Szerab Ling, Leksze Ling, Thrangu i Rumtek. Khenpo Tsultrim Gjamtso Rinpocze nadał mu wtedy pierwszą nazwę – Karma Gyncie – i wygłosił pierwszy wykład, po którym Czcigodny Thrangu Rinpocze udzielił szczegółowych nauk na temat poglądu szentong filozofii buddyjskiej, podkreślając zarazem, że to on stanowi podstawę debat kagju.  

W kolejnych latach seminaria odbywały się kolejno w klasztorach: Thrangu, Szerab Ling i Leksze Ling, a tematy studiów obejmowały najważniejsze teksty szentong, takie jak „Gju Lama” Maitreji („Nieprzewyższona Tantra”) oraz najważniejsze komentarze mahamudry: „Ocean pewności” Dziewiątego Karmapy i „Ocean rozumowania” Siódmego Karmapy, nauczanych głównie przez Thrangu Rinpocze i Situ Rinpocze. Zdobywały one również coraz większą popularność pośród studentów innych szkół buddyzmu, np. uczelni tradycji sakja i drugpa kagju.

W 2004 roku, kiedy Karma Gyncie stanowiło już coroczną tradycję, Jego Świątobliwość Karmapa zwołał do Sarnath przedstawicieli wszystkich uczelni kagju, by omówić przyszłość seminariów. Ze względu na coraz większe uczestnictwo reprezentantów innych szkół zasugerowano wtedy, by zmienić nazwę na Kagju Gyncie, ale Karmapa stwierdził, że do takiej nazwy trzeba dojrzeć i nakazał studiowanie podręczników debat wszystkich tradycji kagju. Obiecał również uczyć mnichów odrębnego stylu debat kagju oraz przejął odpowiedzialność za finansowanie seminariów za pośrednictwem swojego Karme Garcien Trust.

Pod przewodnictwem Karmapy Gyncie zaczęło się rozwijać. Jego Świątobliwość odnalazł stary elementarz debat kagju (kje gui dag po rig lam sel cie) autorstwa Namgjala Drakpy, nauczyciela Dziewiątego Karmapy. Został on wydany w 2006 roku przez Instytut Wadżra Widja, a uczestnicy Gyncie studiowali go przez kolejnych kilka lat.

Następnie, w 2010 roku, Karmapa odnalazł kolejny podręcznik do zaawansowanego poziomu debat (du dzior gji njong po kun rig pei zö cie cia-ło) napisany przez Szóstego Szamarpę Ciekji Łangciuka. Ten tekst jest obecnie głównym podręcznikiem debat w sziedra; jego pierwszą, drugą i trzecią część, opatrzoną komentarzem Karmapy, wydano kolejno w 2012, 2013 i 2014 roku. W tym czasie Jego Świątobliwość zaczął również nauczać podczas seminariów, które przeniesiono do Klasztoru Tergar w Bodhgai, i zgodził się, by przybrały one nową nazwę: Kagju Gyncie. Wprowadził również zwyczaj organizo-wania zawodów, podczas których debatujący przedstawiciele różnych sziedra konkurują między sobą a jury złożone z uczonych tradycji innych niż kagju wyłania najlepszych „zawodników”. 

W tym samym duchu – podnoszenia poziomu klasztornego wykształcenia – w styczniu 2014 roku Jego Świątobliwość zainicjował zimowe seminaria Dharmy dla mniszek kagju, nazywane Arja Kszema.